安顿好了自己东边的邻居——日本，同治便把注意力又重新放回了国内，因为朝廷的大军眼下正在与贼匪激战，朝廷可支配的财用几尽枯竭，而能为自己出主意的户部尚书又多日称病不朝，同治正在考虑是否提前起用光绪朝的理财能手，后来的户部尚书阎敬铭呢，真是的，巧妇难为无米之饮，穷日子过到什么时候是个头啊！
与同治皇帝的愁容满面相比左宗堂的西进倒是顺利的多，说起陕甘回乱，其时在同治元年就已经有所征兆了，西北诸省是我国回族人口分布最集中的地区，而同治元年(1862年)以前，陕西省又是西北诸省中回族人口分布最集中的省份之一。，1850年陕西人口总数为1210.7万人，而《秦陇回务纪略》卷1谓“陕则民七回三，甘则民三回七”。所谓“民七回三”亦为大略之数，以此为基础来推1862年以前陕西的回族人口大约有150万——200万。乾隆四十六年（1781年）署理陕西巡抚毕沅在奏折中谈到陕西回民情形时道：“查陕西各属地方,回回居住较他省为多,而西安府城及本属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州府属之大荔、华州,汉中府属之南郑等州县回民不下数千家,俱在巡抚衙门前后左右居住,城内礼拜寺共有7座,其最大者系唐时建立。西安回民大半耕种、畜牧暨贸易经营,颇多家道殷实,较其他处回民稍为体面”到19世纪中叶爆发回民起义时陕西渭河两岸到处都是回回村庄和堡寨，甘肃东部的宁夏至平原千余里，也尽是回族村庄，西部的河州（今临夏）、狭道州（今临洮）、清水、张家川、河西、西宁、大通、民和、化隆、门源等地也都成为回民聚居的地方。
中国回民大分散、小集中的居住格局，自形成之时，就于汉族同处一地，由于宗教信仰和生活习俗的不同，使双方的误解，隔阂日趋加深。特别是西陕甘地区“回汉杂居，俗尚各别，睚眦小忿，本人情所不能无。”回、汉两族对于这种因习尚绝殊而导致的“龃龉相仇杀，（亦）视为固然者久矣。”咸丰八、九年间，有些县分就发生大规模的回汉持械殴斗的事件。然而，朝廷却利用这种矛盾，采取以汉制回的政策，处处偏袒汉人，“凡争论斗殴，无论曲直，皆抑压回民。汉人复持众欺凌，不知回性桀骜，亿万同心，日积月长，仇恨滋深。”此外，在政治上回民也受到重重压制，“刑部自宪庙以来，屡奉堂官严禁，虽皂卒亦不许一回杂入。”当权者在分折这次战争的起因时亦指出，“陕回之祸由于汉回构怨已久，起衅之故实由汉民。”
太平天国起事后，各地都兴起了团练，俗称为勇。清代的勇与兵有严格区分，勇是团练即民兵，兵是正规军。咸丰末年，为了对付太平军，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕西团练大臣张芾所留用。适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年从河南经由武关入陕西，陕西大乱，这批被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州（今陕西华县）圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子，主人姓王的园主商定，每斤铜钱20枚。正在砍竹子时，主人的父亲来了。老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。恐怕谁也没想到，这一冲突，竟然导致了一场惊天动地的大乱。
按照当地官府的规定和民间的习惯，一旦发生盗抢案件，有“鸣钟告警”一说。竹子买卖双方发生了冲突，按主人的一面之辞是“偷”而不是“买”，打盗贼是天经地义的事情。于是，随着鸣钟聚集而来的当地团练，不分青红皂白就大打出手，一下子打死了两名砍竹子的回勇。这一下，麻烦接踵而来。
被打死人一方的回勇，当然不服气。但是，这些回勇还算通情达理，他们不是以牙还牙，而是到华州官府去告状，希望官府能主持公道。而当时的华州知州濮尧则认为是回民“越界砍竹”恫吓说，“尔回子与长毛勾通谋反。打死一回即少一贼”不但不追问被告打死人命责任，反将告状的回民重责数百，赶出州衙。并且声言：“向后回伤汉民一以十抵，汉伤回民十以一抵”。知州的话语，在传播中，被变成了“打死回民不必经官”，无疑是火上加油。说起来，这些回勇也不是想闹事。地方志记载这次冲突道：“官长不为伸理，且为汉人作主，有打死回民不必经官之谣。当此之时，回民亦俯首帖耳，不为少动。”
华州衙门的捕快班头秦英，也是个回民，对知州大人的偏袒极为不满。于是，秦英有心帮这些受了冤屈的回勇一把，他把回勇带到城外的回民村居秦家庄，与村里的回民一串连，打算结队到州衙请愿。至此，回民尚没有反叛的打算。“亦俯首贴耳，不为少动”，但待到太平军进抵渭南赤水镇，华州团练邀约华阴乡团齐集华州，准备合力堵御，秦家庄回民情愿的消息传开，就变成了“回回要造反”了：“回民将作捻匪（太平军）内应，必先除去内患，然后再堵贼匪。”
于是二华团众，开至华州回民聚居的堡寨枣秦家村，称“回民造反，先行剿洗”，秦家庄被团练血洗，又放火烧毁了秦家村清真寺及周围的回民村庄。事情便越闹越大。华县<县志稿>卷三<建置志>云：“回族冬春牧羊，践踏田禾，与汉人冲突。咸丰八、九年，械斗尤烈。自回族在圣山砍竹，州牧濮圭又右汉左回，堂谕云：‘汉伤回民，十以一抵，回伤汉民，一以十抵。’快班头秦英，回族也，忿忿下堂，谋变愈急。嗣后华山团长白祥生，合渭邑团长张映兰，缉诛回民十七人于麦田。诛回谍于白泉铺，回民纷纷北渡，秦家寨，也家滩焚烧一空,遂有回族大祸。”
此后，渭南的冯元佑带领万人团，“将回村不分良莠，一概剿洗”。华州、华阴团练剿洗了秦家村一带的所有回村，又四处递鸡毛传贴散发：“陕西不留回民，天意灭回，必将回民歼除净尽，回房烧毁不留”这样，汉民称“回回造反”，回民说“汉人灭回”，一场残酷剧烈的民族冲突开始迅速蔓延。
据《秦难见闻记》记载：“先是同州（今大荔）所属地方见回即杀。自宝绅格杀勿论之告示出，于是霸桥、斜口、新丰、水沟、蓝田一带，亦如同属”。巡抚令“曹继堂往东劝谕，至斜口见奸民（团练）气势凶恶，截杀往来回民，因谕之曰：‘汝等不享平安，而多杀无辜，此取祸之道也。一旦回民复仇，汝其无噍类矣。’答曰：‘我等众逾十万，粮支数年何怕之有。’
五月十六日,朝廷派原任江西、安徽巡抚兼陕西总团练张芾携同西安回绅马伯龄，临潼知县缪树本、绅士将若纳，和其侄孙张涛等，前往渭南等处“安抚”，张沛等随带团练20余人，由省城出发，经高陵至临潼，再由新丰渡渭河，于到临潼县境之油房街后，召集回民进行劝谕。结果谈判破裂,回民杀死张芾（张芾是去平抚回民的，却在轿子里放有“剿回”的传帖）.于是汉民和回民之间的武装仇杀沿渭河流域迅即展开。
关中各县，有的是回民先起来反抗汉民，有的是汉民团练先起来洗劫回民，整个关中东部，处于民族仇杀之中。如渭北的耀州、富平、高陵、同官，是汉民先向回民开刀；而临潼、渭南、同州、大荔、华州、华阴一带，则是回民占了上风。陕西西安、凤翔二府,及其它州县的回民被成县成乡成村的遭到屠杀,有些县城内,所有回民无一幸免.而回军所到之处,也是生灵涂炭,烧杀抢掠,伤及无辜.整个关中地区,在腥风血雨之中。
首先起义的是陕西回民，同治元年太平军陈得才率部攻入汉中，进逼西安。在渭南、大荔等地的回民迅即响应，爆发回民暴动。起义领袖是伊斯兰教阿訇（经师）赫明堂、洪兴、任武等。暴动迅速由东向西蔓延到华州（华县）、三原、凤翔、长安等地。元年八月，甘肃回民首先在固原州暴动，响应陕西回民、然后扩展到秦安、宁夏、河州（临夏）、狄道（临洮）、西宁、肃州（酒泉）等地。回军很快就控制了甘肃省大部地区。这时中原战事正紧，原想调荆州将军多隆阿入陕剿回，因为受太平军和捻军的牵制未果。后来调直隶总督成明，带领素称精锐的“京兵”入陕，不想才过黄河，就被回军杀得大败而归，使“京兵”英名扫地。不久，再派胜保来剿回，此公以前在江南征讨太平军时，是常败军，曾国藩等戏称之为“败保”。“败保”公到了陕西，把军事不放在心上，还胡作非为，人民怨声载道，告到上面，于是两宫太后赐令自尽。这时的朝廷还算能维持一些政纪、军纪。同治二年，多隆阿部队攻占了回军多处据点，残酷野蛮地血洗、屠杀回民，老弱妇女都不免。在攻占最后一个据点时，多隆阿自己也中弹身亡。但是陕西回军和入陕的太平军余部在陕不能存身，纷纷逃入了甘肃，使甘肃回军势力更盛。