1868年6月，紫禁城乾清宫，同治帝的龙书案上收到了左宗棠廷寄来的捷报，同治小心的展开，看到了陕甘两省贼匪已然肃清，结尾是请同治帝示下善后事宜。同治帝观后御笔写道：善后诸事望卿自行斟酌，朕一概不予过问，需要朝廷提供驰援时，朝廷必鼎立支持，一切善后之事盖由卿一人定夺。钦此！
左宗棠收到皇帝的圣旨向北叩谢皇上圣明。陕甘的战事虽然结束了，善后工作却千头万绪。左宗棠早就料到，抚比剿难。回族同胞在这次绵延50余年的变乱中，遭到了很大的灾难，汉族同胞也损伤惨重。左宗棠认为必须妥善处理战后的回军民，也包括战地的汉民，使他们各得其所，再过平安温饱的生活。处理回军民的善后，比处理太平军和捻军要难得多。捻军和太平军多数是汉民，俘虏后，给资遗借用回原籍即可。对陕甘的回军民和汉民却不能这样办。陕西有许多回民跟随回军逃到甘肃，战后如仍让这些客回和当地汉民杂居，定会对回民不利。即使陕回民和甘回民杂居也不便，在战时他们可以团结对付清军，和平时期则因地区不同，信仰新教和旧教的不同等，也难以和睦相处。照理应该送陕回民回陕，但是陕回民离开家乡已10年之久，本乡产业早已被毁，未毁的已被官府没收；如果回乡，应该将产业归还，可是战时情况混乱，缺乏人证物证，势必引起无限纠纷。如果不归还土地房产，回民又如何生活？而且本来与当地汉民不和，还怕汉民欺凌报复。陕西一些汉人士绅早就扬言不许陕回民回陕，如关学领袖贺瑞麟就曾代表陕人提出公禀，反对回民回来。所以陕回最难安置。在金积堡和河州留有一些客籍甘回民，和本地回汉民难于相处，也需要妥为安置。还有一些汉民为回军服务，有的是受武力驱使，有的是信奉伊斯兰教，自愿跟随回军的，认作义子或当奴仆的都有。这些汉民也应迁徒送回原籍，以免遭当地汉民迫害。
既然陕西回民不能回原籍，甘肃客回民也要迁徒，迁徒到什么地方去呢？这又是摆在左宗棠面前的又一个难题。左宗棠对安顿回民的地点定了几点要求：要有水有草、土地肥沃、河流和平原相间的地方；又要是无主的荒地，以免有人来争夺；要自成片段，回族同胞可以聚族而居，以免与汉人杂居，又惹起纠纷。他还规定；每户回民都应分得土地、房屋、窑洞、种籽、耕牛和牛具。在迁徒中，大人每人每日给粮8两或一斤，小孩5两或半斤，随带的牲口也发给料草。沿途地方官吏应接送、保护，准备好供安歇的窑洞，并供给柴薪；到达安置地后，对贫困户仍要发给粮食。有些回民在原住地已种下庄稼的，可以等待收成后再迁移；有些回民一家分散在各地者，可以迁到一处团聚。回、汉民愿意投奔亲属者，也听其自便。又严禁沿途土豪劣绅对回民恐吓论诈，为此还杀了几个违法的土豪劣绅。
左宗棠为回民善后，耗费了许多心血，也花了大量军费。西征军费本来就十分拮据，左宗棠坚决省下军费，用于安置回民。迁移的回民大部分安置在平凉、会宁、静宁、安定、秦安等地，汉民则安置在安定等地，均在现今的陇东平原，水草比较繁茂的地方。
这些对待回民比较开明和合理的措施，引起了甘肃、陕西一些上层人士的反对，当地官吏也找出种种借口多方阻挠。甘肃本来贫瘠、干旱，一些汉人看到左宗棠将有水有草的地方分给回民居住，大感不满，认为他太袒护回民，因而背后称他为“左阿浑（訇）”，将他比作伊斯兰教中的经师，只替回族人说话、办事。但是左宗棠不顾他们的反对，坚决执行仓皇政策和办法。“帝日汉回，皆吾民也”。战争是不得已的行动，回汉都是大清子民，回民如今陷于困难境地，自然应该帮助和保护他们，首先应妥善地安顿他们。
至于饱经战祸的回民和多数下层汉民，对左宗棠的善后措施都感满意。当他的队伍经过时，回、汉民都列案焚香迎送。其实原因也很简单，多年来回汉互相仇杀，积怨秀深，这次朝廷派左宗棠率大军进剿，陕甘汉人士绅早就扬言要对付回民，对左宗棠到来，寄予了很大希望。至于回民，虽然看到左宗棠入陕前颁布的“汉回一视同仁，决不滥杀”的告示，但怎能轻信。清军战胜，回军失败了，回民老百姓必然怀着忐忑不安的心理，只得听天由命。但没有想到，清军并不屠杀他们。然而即使留得性命，祸乱之余，遍地伤残，白骨黄茅，炊烟断绝，也无法生活。左宗棠又给他们安排住地、田亩、耕具、牲口、种籽、房屋等，并发给口粮，沿途照顾保护，完全出于意外。封建时代的老百姓，不信纸是汉、回或其他民族，都愿意过安定温饱的生活，他们都厌恶不应发生的战争。
左宗棠对已安抚的回民，坚定地执行一视同仁的政策。他了解地方上的情况，土豪劣绅常与官吏勾结，包揽词讼，欺压良民，特别是他们多年来敌视、欺侮回民的顽固态度，不是容易改变的。他亲自监督地方吏治，严惩了一批欺侮回民的土豪劣绅，如平凉武生李振基，因为压迫已抚回民，被处死刑。灵州豪绅吕廷桂和苗维新，讹诈抚回未遂，竟狂妄要求刘锦棠派兵抄洗，同时阻挠难民领取耕牛和种籽，又散播谣言，说清军要杀尽回民，攻击左宗棠：“官爱回民，不爱汉民。”左宗棠给予了严厉处理，吕廷桂就地正法，苗维新被押赴行营严办。又如左宗棠幕客周汉，有文名，本来受左宗棠器重，升了道员，后来因争杀降回，被革职遣送回乡。按察使史念祖，也是有名文士，因杀降回，被左宗棠奏劾罢免，他一直耿耿于怀，怀恨在心，屡屡写文章骂左宗棠。
左宗棠特别重视提高回民和各族人民的文化素质，在各地广设义学，免费招收各族儿童入学。对河州、洮州、循池、海城、化平川等回族聚居的地方，特别注意那里回民子弟的义学。张曜驻防宁夏时，也在回民村中普设义学，劝回民儿童一律读书。义学启蒙课本采用《千字文》、《三字经》、《百家姓》等，并供给儿童笔墨书籍。另外在各地设立一些较高层次“书院”。在回族聚居的化平川特设一所专收回民子弟兄的书院，还设了一名回民“训导”，管理回民的就学和科举考试。
战后左宗棠立即申请在甘肃举行单独的科举考试，以前是和陕西合闱考试的，因为回民文化教育程度一般比汉民低，第一、二次乡试，回族子弟没有一人取中。为鼓励回民参加科举与汉民有同样的机会取得功名和充当政府官吏，左宗棠特别奏准朝廷，在考试制度上对回民采取一些优待办法：回民仍和汉人同考，但是每隔一科必须取中至少一名回民举人。
左宗棠执行了比较开明的民族政策，多数回民，包括汉民和其他少数民族，对他是怀有好感的。战后的陕甘，经过左宗棠苦心经营，生产和生活恢复得较快。同治十四年有人从新疆经甘肃、陕西回广东，他记述途中见闻说：“自入陇所见，民物熙熙，一片升平象，竟若未经兵燹者。”也许有溢美之词，但显然已迥非以前战时黄沙白骨、赤地千里的惨象了。
此时紫禁城中的同治帝对左宗棠在陕甘的作为还是颇为认可的，左宗棠用了三年半的时间平定了闹得天翻地覆的陕甘回乱，这为日后的同治新政争取了充足的时间，但西北的俄国现在是什么态度一时还难以揣测，想到了情报问题，同治示意小李子传鄂托进宫面圣，鄂托自从去了趟日本后就一直负责情报工作，虽然做得很出色，但其心中却很是忿恨，因为他想报效国家的方式是想入职行伍而并非躲在暗处做情报工作，这次同治帝召见自己，憋了一肚子的话是不吐不快，一定要向同治帝表白心迹，鄂托进宫时同治办公的养心殿的门是开着的，鄂托刚要开口，同治抢在他的前面开口了：
“爱卿，朕有一句不好开口的话，但朕今日必需当面向你言明”
鄂托不知是何事只垂首不答话，同治见其不语便继续讲道：“朕这两年要卿负责情报工作实乃不得已而为之，朕的本意是要卿厉兵秣马替朕争战杀场，只因朕一时无人可用不得已用卿致此，现在陕甘回乱已平，朕打算送你去仍处战火之中的德国去学习其最先进的作战战法与兵械用法，为时四年，待卿归来之日就是卿大展宏图之时。”
同治这几句话说得鄂托心里暖暖的，原想开口的话也已没有说出的必要了，鄂托叩头谢恩，接着询问同治自己走后由谁接替自己的职位。
同治笑着说：“这是朕头疼之事，至于人选还请卿向朕推荐一个合适的人选吧”
“奴才手下有一人姓刘，名忠廷，是一可塑之才。”
“那就依卿所言，命刘忠廷为新任对夷情报官员。
料理完了鄂托的差事，同治命小李子去总理衙门通知恭亲王把相关的赴德人员近日送至战火纷飞的普鲁士，这些人员是同治帝与国内资深军事大家曾国藩等人秘密挑选的，目的是为几年后与法国与俄国的大战事先选好可以作战的主将，这是同治帝事先就想好的一招好棋，虽然按历史进程看最后清军也获得了胜利，但却是惨胜，惨胜如败。同治不打算重蹈覆辙，所以预先已经想好了后招，左宗棠所部在甘肃休整两个月后，大军开拔进兵新疆，一场肃清贼匪收复新疆的好戏即将开场。（请看下一章内忧外患）