1870年同治皇帝在辛苦操劳了6年后，国家终于初步的稳定下来了，新疆全境已收复，（除被俄国军队占领的巴尔喀什湖以东的部分领土尚在俄军控制下，其余领土已重回祖国怀抱）当然同治也让驻俄大使曾纪泽做过交涉，不过俄国态度强硬拒绝归还所占领土，同治鉴于当时的国力，（户部已空空如也）并未做出马上收复被俄军占领土地的决定，而是采取隐忍政策，电令刘锦堂守住已收复的领土，严密监视俄军的动向，若俄有侵我之意，立即还以颜色，由于战事结束，左宗棠回朝复命，同治为了表示重视，特意在上朝时走下台阶迎接左宗棠，走进朝堂的左宗棠风尘朴朴，眼角也还露出疲态，不过却丝毫看不出萎靡的样子。
同治看到左宗棠得胜还朝便首先开口：“左爱卿一路征尘未洗就被朕召进宫来，皆因朕实在是想听爱卿讲讲新疆的战事。”
左宗棠向前一步施礼道；“臣左宗棠幸不辱命克复新疆，没有辜负朝廷的厚望，除西北部少数领土尚在俄夷手中外，其余疆土已全部收复，臣本欲请旨朝廷补充兵械粮饷后挥兵西进驱逐俄军，但接到皇上圣旨命臣回京，老臣恳请圣上续拔粮饷，臣在半年内当从俄夷手中夺回失地！”
左宗棠一字一顿的好似重磅炸弹似的砸到了同治的胸口，很明显，左宗棠在抱怨同治不让自己与俄军交战。其时，左宗棠哪里知道同治皇帝何偿不想一劳永逸，但长年征战已使军队疲惫，且国库空虚，为了支撑左宗棠的西征大军同治早已把国库掏空了，现在是一两银子也没有了，要不是美国政府的贷款恐怕真的很难撑到左宗棠回来，不过同治并没有生气，毕竟左宗棠使新疆重回中国，至于被俄军占领的疆土，可以再过几年再说，等强大到足够震慑敌人的时候再说，朝堂之上各部大员纷纷向左宗棠和同治报喜，不过左宗棠对当前的战果，并不满意，他的目的是收复所有新疆故土，不过对同治来说这个结果已经很不错了，为表彰左宗棠，同治加封左宗棠为两江总督，不过左宗棠坚辞不授，他自己倒是希望出任陕甘总督，许多朝臣见此便向同治上折说：左宗棠动机不良，是要控制西北的军务，建议同治贬斥左宗棠。同治倒也没回应这些折子，三日后同治下旨令左宗棠就任陕甘总督。上折子的人一时都傻了，看来左宗棠的后台是皇上啊！
当年七月，从日本传来了坏消息，流亡海外的大久保利通等人突然秘密回国，在国内煸动了几个对幕府不满的大名拥护明治天皇，逼迫德川幕府交出实权，被德川幕府一口回绝，他们立刻组织叛军在美国援助的情况下出其不易一举攻占了幕府的老巢——江户。德川庆喜见大势已去，便与叛军妥协，在叛军答应保证德川庆喜家族的生命和财产安全后，德川庆喜交出了实权，离开了江户，至此幕府统治日本的时代宣告结束，日本的实权重新回到了已1000多年不掌握实权的日本天皇手中。同治知道，日本的明治天皇在掌握权力后会立刻开始明治维新，全面西化，其发展速度是中国不可同日而语的，本以为自己支持幕府会使日本的历史倒退，没想到只让日本停滞了两年，而且现在美国人也支持日本维新，看来日本这个死敌，大清国是避不过去了，不过，还好现在中国的内战已全部结束，至少现在中国和日本还是处在同一起跑线上，中国有足够的时间和日本打一场国家崛起的持久战，但令同治没有想到的是，此时的日本明治天皇正在看手中的一张单据，而这张单据正是清朝支持德川幕府在几年前支援日本武器的那张单据，这张单据让执掌大权的明治颇为恼火，明治天皇拿着手中的单据自言自语道：“若没有清国的支持幕府在几年前说不定就已不存在了，看来清国是不想让日本走向强大，那我们日本也没有退路只有与清国一决胜负，看一看究竟谁才是亚洲的霸主，”明治天皇此时就在心里许下了西并朝鲜以制中华的野心。
除了日本的倒幕成功外，还有一件令同治特别头疼的事。同治记得在原来的历史上1870年4、5月间，天津发生多起儿童失踪绑架的事件。6月初，天气炎热，疫病流行，育婴堂中有三、四十名孤儿患病而死，每天有数百人到坟地围观，挖出孩子的尸体查看。於是民间开始传言怀疑外国修女以育婴堂为晃子，实则绑架杀死孩童作为药材之用。6月20日，一名被居民扭送官府的匪徒武兰珍口供中又牵到教民王三及教堂。於是民情激愤，士绅集会，书院停课，反洋教情绪高涨。6月21日清晨，天津知县刘杰带人犯武兰珍去望海楼天主堂对质，发现该堂并无王三其人，也没有武兰珍所供的席棚栅栏，「遍传堂中之人，该犯并不认识，无从指证」。谢福音神父也已经与崇厚协商育婴堂善后处理办法。但当时已经有数千群众包围了教堂，教堂人员与围观的人群口角起来，引起抛砖互殴。法国驻天津领事丰大业要求总督崇厚派兵镇压，没有得到满意的结果，在前往教堂的路上，与知县刘杰相理论，怒而开枪，不幸打死了知县的仆人，民众激愤之下先杀死了丰大业及其秘书西门，之后又杀死了10名修女、2名神父、另外2名法国领事馆人员、2名法国侨民、3名俄国侨民和30多名中国信徒，焚毁了法国领事馆、望海楼天主堂、仁慈堂以及当地英美传教士开办的4座教堂。破坏行动持续了3小时。津案爆发于同治九年五月初（1870年6月间），冲突中外人死者计数十名。案发后，中外震惊。同治皇帝在得知此事后异常惊讶，因为在他来到这个时代时以为自己会改变历史，结果有些历史是他无法改变的，同治知道此事后立即让在保定的曾国藩着情办理，曾国藩在保定驻地接到两道上谕的催办后，于六月十日到津。他上任后的第一件事，是先议结俄、英、美三国误伤之人和误毁之堂、不与法国一并办理，缩小对立面。当时曾国藩了解到的情况是，关于法国领事，神甫和教堂被杀被毁的原因，曾国藩紧紧扣住武兰珍原供虚实入手，早在保定动身时，他便致信崇厚说:“欲推求激变之由，自须由此根究武兰珍是否实系王三所使，王三是否系教堂所养，挖眼剖心之说是否凭空谣传”。他在审讯人犯和亲自调查后对原供提出三点质疑:一，武氏供词时供时翻，原籍在天津，与所供晋宁不符，且无教堂指使的确据；二、教堂中有男女150余名，由各自家庭送来养育，非迷拐而来；三，亲自询问拦舆递禀的数百名百姓，所谓挖眼剖心之事，均无实据。这三点质疑，是曾国藩推定所谓“挖眼剖心，全系谣言”的根据，也是据此结案的关键。曾国藩进一步分析了一般士民对于教堂普遍的怀疑心理，指出原因有:一、教堂大门终年关闭，过于神秘，社会上都以为里面的地窖是“幽闭幼孩”的，但实地勘察后证明地窖只是为了“隔去潮湿，度置煤碳”；二、去教堂治病的人，往往不再出来，一般人们不理解；三、教堂收留无依无靠的子女，甚至有“贫病将死”之人，“动辄数百人，不明何故”；四、教堂中庭院错落，甚至母子亦分居异处，有乖人情。基于以上的判断，曾国藩在办案自始至终持妥协的态度。尽管他与崇厚的表现也曾有微妙的不同——那就是当外人提出要将天津府知府张光藻，知县刘杰和将军陈国端三人抵命时，他力不准允，并顶着很大的压力拖延时间进行交涉。最后改判天津县、府为流放。
同治本以为随着新疆战事的提前结束，国内改革的提前进行，这件棘手的事件应该不会发生，但是没想到的是历史是不可逆转的，历史跟同治开了个玩笑，该发生的还是会发生，看来想越过历史的必然是不可能的，现在只有积极面对了。